On oppose communément la science à la religion, comme un savoir objectif à une croyance irrationnelle. Au XIX ième siècle, l'idéologie scientiste allait même jusqu'à affirmer que le développement des connaissances scientifiques, finissant par résoudre toute question, en viendrait à rendre la religion impossible. On peut aujourd'hui constater qu'il n'en est rien. Mais il nous faut dès lors comprendre pourquoi le progrès scientifique n'a pas du tout fait disparaître les religions.
Dans sa « Loi des trois États », Auguste Comte affirme que l'État théologique, historiquement premier, partage avec l'État métaphysique qui lui succède l'ambition de résoudre les problèmes concernant les causes premières et les causes finales, c'est-à-dire les questions en pourquoi et pour quoi: d'où venons-nous? où allons-nous? etc.
Par contre, l'État positif ou scientifique substitue à ces interrogations initiales des questions plus modestes et locales, concernant, non plus l'origine ou la destination des êtres et du Monde, mais le fonctionnement des phénomènes: questions en comment.
Les réponses apportées par la science ne concernent donc pas, a priori, les interrogations de type métaphysique : elles s'en tiennent strictement à l'univers physique.

Mais dans quel domaine la science s'affirme-t-elle sous l'aspect d'un incontestable progrès? La formule « progrès scientifique fait problème : au sens strict, elle ne peut désigner qu'un accroissement des connaissances, incontestable, mais auquel le public a le plus souvent difficilement accès (au passage, on évoque le problème permanent de la vulgarisation scientifique). Mais les scientifiques eux-mêmes sont les premiers à souligner l'importance de leur ignorance par rapport à ce qu'ils peuvent savoir, et l'on ne doit pas oublier que l'évolution historique d'une science aboutit avant tout à y multiplier les problèmes.
Comment le public perçoit-il les conséquences de ces progrès de la connaissance scientifique? Avant tout par le biais des applications (notamment techniques) de la science dans sa vie quotidienne. Or celles-ci font doublement problème :
— soit parce qu'elles se révèlent pour le moins ambiguës : la science n'apparaît pas tout uniment au service du bonheur de l'humanité (problèmes écologiques...);
— soit parce qu'elles n'ont aucun rapport avec les problèmes réels de l'humanité : le développement du savoir est impuissant à résoudre les problèmes de famine, de surpopulation, etc.

Qu'attend le croyant de sa religion?

« Le fondement de la critique irréligieuse est : c'est l'homme qui fait la religion, ce n'est pas la religion qui fait l'homme. » Marx, Critique de la philosophie du droit de Hegel, 1844.

« Qu'est-ce que la religion ? — Un besoin apparu à un stade d'évolution inférieur et dont la classe supérieure s'est servie pour tenir la classe inférieure sous sa domination. » Strindberg, Petit catéchisme à l'usage de la classe inférieure, 1886.

« Peut-être n'y a-t-il rien de si vénérable dans le christianisme et le bouddhisme que leur art d'enseigner même aux plus humbles à trouver, grâce à la piété, leur place dans un ordre imaginaire et supérieur des choses; ils continuent ainsi de se satisfaire de l'ordre réel qui leur fait la vie si dure, — dureté qui est précisément nécessaire. » Nietzsche, Par-delà le bien et le mal, 1886.

« La religion est le soupir de la créature opprimée, l'âme d'un monde sans coeur, de même qu'elle est l'esprit de situations dépourvues d'esprit. Elle est l'opium du peuple. » Marx, Critique de la philosophie du droit de Hegel, 1844.
La religion, selon Marx, concourt à endormir la conscience politique du peuple, en ce qu'elle lui fait miroiter dans un illusoire au-delà des joies qu'il ne peut trouver ici-bas. Âme d'un monde sans âme, la religion masque à l'homme sa véritable condition.